Nel territorio amiatino vi sono inoltre situate numerose aree protette: la riserve naturali del Monte Labbro, di Pescinello, del Bosco dei Rocconi, di Poggio all'Olmo, della Santissima Trinità, del Monte Penna ed inoltre un importante parco faunistico. Sul monte Labro, non distante da Arcidosso, il Parco Faunistico, altitudine mt. 930, è una riserva protetta per specie endogene di flora e fauna, alcune in via di estinzione, visitabile dall'alba al tramonto. Conta la presenza di cervi, daini, caprioli, mufloni, ma di particolare rilievo è il lupo appenninico. In tale riserva viene favorito il recupero dell'asino crociato amiatino, una razza endogena che rischiava la definitiva estinzione. A Roccalbegna, inoltre, c’è la famosa "Pietra", un torrione roccioso naturale in cui nidificano rapaci e dalla cui cima è visibile il panorama dell'intero abitato.