Charlotte Amalie gode di un clima tropicale; durante l'anno si alternano due stagioni, una secca che va da gennaio a marzo, ed una umida, che va da aprile a dicembre, ma ad eccezione del periodo che va da settempre a novembre, sulla città non si abbattono importanti precipitazioni. Generalmente, Charlotte Amalie è un posto molto caldo ed umido: le temperature medie non subiscono forti oscillazioni durante l'anno, andando da una minima di 22°C ad una massima di 32°C.Il periodo migliore per visitare la città è quello che va da gennaio a marzo poiché il clima è fresco e secco, mentre è sconsigliabile soggiornare tra giugno e novembre per l'alta probabilità che si verifichino uragani.