L'intero territorio del Burundi trova posto su un altopiano con altitudine media di 1700 metri sul livello del mare. Questo in parte spiega la ragione per la quale il clima altrimenti tropicale, si presenta invece mitigato per quasi tutta la durata dell'anno. La vetta pi alta costituita dal monte Karonje (2685 m), situato a sudest della capitale.
L'Albertine Rift, il braccio occidentale della grande Rift Valley che percorre poi gran parte dell'Africa, ed percorso dal fiume Ruzizi. Il lago Tanganica, uno dei pi grandi del continente Africano, ha la particolarit di essere particolarmente profondo gi a pochi metri dalla riva. La costa nella parte dl Burundi lunga pi di 120 km e perlopi risulta molto scoscesa. Solo nella zona di Bujumbura e al nord si possono trovare delle spiagge di sabbia bianca, derivati da depositi alluvionali. La zona attorno al lago quella pi umida e calda della regione, mentre al nord le temperature scendono anche sensibilmente.