Parte integrante del Parco Naturale del Gargano e dal 1989 Riserva Naturale Marina delle Isole Tremiti, larcipelago presenta per la maggior parte del suo territorio una natura splendida ed incontrastata. Il mare che lambisce le isole uno dei pi belli dItalia, limpido, cristallino ed accogliente fin dai primi caldi destate. San Domino offre lo spettacolo della flora pi varia e rigogliosa, con boschi di Aleppo e fiori multicolori dalla crescita spontanea e diffusa, tanto che i benedettini la chiamavano orto di paradiso. Scorci dalla bellezza incontrastata sono i Pagliai, monoliti piramidali che assomigliano appunto a dei pagliai, e lo scoglio dellElefante. Infine qui sono presenti le uniche spiagge sabbiose dellarcipelago: Cala Matano, Cala delle Arene e la spiaggia sita sotto i Pagliai alla quale si pu accedere solo via mare. Completamente brulle e rocciose invece sono la lontana Pianosa, parzialmente sommersa dal mare, La Vecchia, Capraia e Cretaccio il cui tratto distintivo largilla gialla di cui composta. Le acque, cui stato pi volte assegnato il riconoscimento della Bandiera Blu, ospitano una flora rigogliosa e colorata ed una fauna ittica variegata. I fondali marini sono infatti meta di turismo subacqueo proveniente da molte parti del mondo.