L’arcipelago è noto anche col nome di isole Diomedèe. Questo perché vuole il mito che l’eroe troiano trovò rifugio proprio nelle acque pugliesi e che, gettati in mare tre sassi portati dalla sua città natale, questi divennero le isole di San Nicola, Capraia e San Domino. Qui, sempre secondo la leggenda, l’eroe morì ed i compagni, tristi e disperati per la perdita, furono tramutati da Afrodite in diomedee, uccelli notturni tipici del luogo che emettono un garrito che sembra il pianto di un neonato, affinché potessero piangere in eterno sulla tomba del loro condottiero.