Nel territorio dell'Emilia-Romagna ricadono due parchi nazionali, entrambi condivisi con la Toscana: il Parco nazionale delle Foreste Casentinesi, Monte Falterona e Campigna e il Parco nazionale dell'Appennino Tosco-Emiliano. Nel territorio della regione ricadono anche 14 parchi regionali nonché numerose altre aree naturali protette.