La leggenda narra che San Francesco di Paola, diretto in Francia, fece una sosta a Genova (1483) e qui indicò il luogo dove doveva sorgere il santuario. Completato nel 1494 con il concorso dei cittadini, tra i quali figura anche Andrea Doria, il complesso fu nuovamente ampliato tra la fine del '500 e l'inizio del '600. Il Santuario e il chiostro conservano opere di Luca Cambiaso e G.B. Paggi, affreschi di Lazzaro Tavarone, una scultura lignea di Anton Maria Maragliano e una cospicua raccolta di ex voto.