La Pinacoteca fu costituita nel 1836 per iniziativa del Comune di Ferrara. La sede prescelta fu il piano nobile di Palazzo dei Diamanti dove vennero esposte al pubblico le grandi pale d’altare provenienti dalle chiese soppresse da Napoleone e i dipinti acquistati da collezioni private cittadine.

Nel 1958 la Pinacoteca Comunale passò allo Stato e divenne così Pinacoteca Nazionale. Al nucleo originario si aggiunsero, gradualmente, altre opere attraverso depositi, donazioni (collezione Vendeghini-Baldi), acquisti dello Stato e della Cassa di Risparmio di Ferrara che ha depositato in Pinacoteca la propria collezione affinché un pubblico più largo possa godere del patrimonio artistico ferrarese recuperato sul mercato antiquario.