La fauna dell'isola è caratteristica per via della particolare posizione geografica che ha determinato l'isolamento delle specie presenti: durante le stagioni autunnale e primaverile diventa punto di transito per fenicotteri rosa, grù, falchi della regina, nibbi bruni, falchi pellegrini e le poiane (il bird-watching è un'attività vivamente consigliata), anche se il falco tipico dell'isola rimane il gheppio. Per quanto concerne i rettili, citiamo i rari Coluber ippocrepis, serpente dai meravigliosi colori, e la Testudo graeca.
Per quanto concerne la flora, Pantelleria si contraddistingue per il folto bosco sempreverse caratterizzato dalla presenza di pini marittimi, pini d'Aleppo ed erica.