Il territorio si presenta quasi totalmente pianeggiante (il suo punto pi alto, il Suur Munamgi, misura solo 317 metri sul livello del mare, e si trova nella parte meridionale del paese), coperto di una folta vegetazione boschiva e ricco di laghi e fiumi. La superficie generale dell'Estonia supera di poco quella della svizzera, e il 10% di questa regione rappresentata dalle numerosissime isole (circa 1520) disposte a largo della fascia costiera. Le pi estese sono Saaremaa e Hiiumaa, con una superficie rispettivamente di 2.668 km e 965 km.
L'Estonia il paese dei laghi, se ne contano pi di 1200 a carattere naturale. Il pi grande sicuramente il lago dei Ciudi (in estone Peipsi Jrv), situato al confine con la Russia. Entro i limiti nazionali ha un'estensione di 1570 km, ed il quarto lago di acqua sorgiva pi grande d'Europa.
L'Estonia confina a est con la Russia e a sud con la Lettonia. A ovest bagnata dal Mar Baltico e dal Golfo di Riga, mentre il Golfo di Finlandia si trova a nord.