I primi insediamenti su queste isole risalgono ad epoche antichissime. A Levanzo, infatti, sono state rinvenute numerose tracce della presenza dell'uomo che, probabilmente, trov� un passaggio tra l'Africa e la Sicilia venutosi a formare nel corso dell'ultima glaciazione. Nel 241 a.C. i Romani la conquistarono a seguito della vittoria della flotta di Gaio Lutazio Catulo su quella cartaginese. Con il crollo dell'impero, si succedettero le dominazioni di Vandali, Goti e Saraceni. Nel  1081 i Normanni conquistarono l'arcipelago e fortificarono le isole che, nei secoli successivi, seguirono le sorti della Sicilia. Nel XVI secolo la famiglia genovese dei Pallavicini-Rusconi ne divenne proprietaria seguita, alla fine del XIX secolo dai Florio che diedero impulso alle tonnare di Favignana.