La villa fu costruita su disposizione del cardinale Ippolito II d'Este, figlio di Alfonso I e di Lucrezia Borgia, su un sito che già in passato era stato sede di una villa romana. Il progetto di Pirro Ligorio fu realizzato da un numero impressionante di artisti e artigiani ma le alterne fortune curiali del committente rallentarono i lavori insieme a complicazioni tecniche e burocratiche, e il cardinale riuscì pertanto a godersi la villa solo per qualche mese prima di morire nel 1572.
In qualità di proprietari della villa, a Ippolito II succedettero il nipote Luigi (fino al 1586) e Alessandro (fino al 1624) che introdusse diverse innovazioni decorative. Anche il cardinale Rinaldo d'Este (1641-1672), lasciò un segno decisivo quando chiese a Gian Lorenzo Bernini di realizzare la poetica fontana del Bicchierone e la cascata della fontana dell'Organo.
Successivamente arrivarono gli Asburgo e il complesso andò in malora. Fu su iniziativa del cardinale Gustav Adolf von Hohenlohe-Schillingsfürst che, a metà dell’Ottocento, la villa tornò al centro di intense attività mondane. Ultimo proprietario privato della villa fu l'arciduca Francesco Ferdinando d'Asburgo-Este, erede al trono dell'Impero austro-ungarico che avrebbe voluto disfarsene, ma prima di riuscirci finì assassinato a Sarajevo il 28 giugno1914. Nel 1918, dopo la prima guerra mondiale, la villa divenne proprietà dello Stato Italiano che avviò un radicale restauro, ripristinandola integralmente e aprendola al pubblico. Altri interventi si resero necessari nel secondo dopoguerra a causa dei danni provocati da un bombardamento.
Gli interni vantano un apparato decorativo di grande interesse, ma il vero gioiello è il giardino, che dalla facciata posteriore della villa parte ad articolarsi in terrazze e pendii raccordati secondo uno schema architettonico poggiato abilmente su vecchie mura urbane convertite in contrafforti del terrapieno. Ad abbellire il lussuregiante parco: fontane e giochi d’acqua alimentati attraverso un articolato sistema di convoglio delle acque direttamente collegato all’Aniene, che sfruttava pressione naturale e principio dei vasi comunicanti senza ricorrere a congegni meccanici.
Il viale delle Cento Fontane, la Rometta e la scenografica Fontana dell’Ovato, sono solo alcuni esempi dell’ingegno e della fantasia di Pirro Ligorio di cui il giardino tracima.

[Fonte: ARTE.it]